Чтобы удалить и URL страницы сайта фрагмент /index.php/, нужно сделать две вещи.
- Зайти в админку сайта, меню "Система", "Общие настройки" и в колонке "Настройки SEO" включить две опции - Включить SEF и Перенаправление URL.
- Заходим на сайт по FTP и переименовываем файл htaccess.txt в .htaccess
Вот и все! После этого index.php не будет отображаться в адресе страницы.
p.s. Если не сработало, очистите кэш сайта.