Чтобы удалить и URL страницы сайта фрагмент  /index.php/, нужно сделать две вещи.

  1. Зайти в админку сайта, меню "Система", "Общие настройки" и в колонке "Настройки SEO" включить две опции - Включить SEF и Перенаправление URL. 
  2. Заходим на сайт по FTP и переименовываем файл htaccess.txt в .htaccess

Вот и все! После этого index.php не будет отображаться в адресе страницы.

p.s. Если не сработало, очистите кэш сайта.